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基地决策机构为主任办公会,在领导小组统筹协调下开展工作。主任由长江学者路新春教授担任,首席科学家由中科院院士雒建斌教授担任,执行主任由清华大学机械系原党委副书记马明星博士担任。主任办公会下设专家委员会和企业家委员会两个咨询机构,组建一办(总经办),三中心(人力资源中心、财务中心、园区运营中心),七部门(科研管理部、战略规划部、综合管理部、投资管理部、销售部、项目管理部、事业部),一学院(清研学院)架构,并在事业部下设军品、智慧工厂、环保交通、轴承、轨道交通等事业部,形成市场导向、高效决策的组织管理体系。